La CNC comporte trois organes :

L'Assemblée générale (AG)

C'est le niveau de décision le plus élevé. Elle définit la politique générale sous la conduite du président national. Elle se réunit une fois par an.

Le Comité national (ComNat)

Il exécute les décisions de l'assemblée générale. Il se réunit une fois par mois.Il est composé des membres suivants :

• le président national
• trois vice-présidents dont un du même rôle linguistique que le président et deux de l'autre rôle linguistique
• les présidents régionaux (un néerlandophone et un francophone)
• les présidents des régionales, des fédérations sectorielles
• les responsables des commissions
• le trésorier
• le secrétaire général
• le délégué général

Le Bureau exécutif national (BEN)

Il exécute les décisions de l'Assemblée générale et du Comité national. Il assume la gestion journalière et suit l'actualité socio-économique de près, entretient des contacts avec les organisations patronales, le monde politique, les média, etc. Ces organes s'appuient sur une structure fixe comportant un secrétariat permanent et un service juridique